15 травня 2006 року була створена Президентська консультативна комісія з прав людини для покращення темпів та ефективності роботи з вирішення справ про зниклих безвісти за часів диктатури.

Судово-медична служба (Servicio Medico Legal, SML), яка діє при Міністерстві юстиції, відповідає за ідентифікацію зниклих безвісти та встановлення можливої ​​причини смерті. SML отримує технічну підтримку в аналізі людських останків від іноземних установ, включаючи МКЗБ, яка також бере участь у президентській комісії.

У червні 2008 року МКЗБ підписала угоду з урядом Чилі про надання технічної допомоги у ідентифікації жертв насильницького зникнення.

Лабораторія ДНК МКЗБ співпрацює з SML з 2009 року, забезпечуючи коротке тандемне повторення (STR) профілювання еталонних і посмертних експонатів, а також пропонуючи технічні поради щодо збігу ДНК. Договір із SML послідовно продовжувався, останній раз у червні 2023 року.

Станом на грудень 2023 року лабораторія ДНК МКЗБ профілювала 2591 еталонних зразків, що представляє 1098 зниклих безвісти осіб; та 439 патологоанатомічних проб. МКЗБ показала 72 відсотки результативного аналізу ДНК STR для зразків посмертного аналізу з Чилі. ДНК-лабораторія МКЗБ надала значну допомогу з порівнянням профілів і звітами про відповідність, видавши 93 звіти про ДНК, що стосуються Чилійські подання.

Чилі приєдналася до Угоди МКЗБ у 2015 році.