El 15 de mayo de 2006 se creó la Comisión Asesora Presidencial en Derechos Humanos para mejorar el ritmo y la eficiencia del trabajo en la resolución de casos de personas desaparecidas durante la dictadura.

El Servicio Médico Forense (Servicio Médico Legal, SML), dependiente del Ministerio de Justicia, es responsable de identificar a los desaparecidos y determinar la posible causa de muerte. El SML recibe apoyo técnico en el análisis de restos humanos de instituciones extranjeras, incluida la ICMP, que también participa en la Comisión Presidencial.

En junio de 2008, la ICMP firmó un acuerdo con el Gobierno de Chile para brindar asistencia técnica en la identificación de víctimas de desapariciones forzadas.

El laboratorio de ADN de ICMP ha estado trabajando con SML desde 2009, proporcionando perfiles de ADN de repetición corta en tándem (STR) de referencia y exhibiciones post-mortem, y también ofreciendo asesoramiento técnico sobre coincidencia de ADN. El acuerdo con el SML se ha ido renovando sucesivamente, la última vez en junio de 2023.

En diciembre de 2023, el laboratorio de ADN de la ICMP había perfilado 2.591 muestras de referencia, que representan 1.098 personas desaparecidas; y 439 muestras post mortem. ICMP tuvo una tasa de éxito en la elaboración de perfiles de ADN STR del 72 por ciento para muestras post mortem de Chile. El laboratorio de ADN de ICMP brindó amplia asistencia con la comparación de perfiles e informes de coincidencias, emitiendo 93 informes de ADN relacionados con Presentaciones chilenas.

Chile accedió al Acuerdo ICMP en 2015.